Orglet i kirkens vestende med den pragtfulde barokfacade er fra 1634, men ombygget flere gange. Her sad den verdenskendte Diderich Buxtehude som organist 1660-1668. Endnu klinger piberne i rygpositivet fra hans tid. Under orgelet et vindfang for hoveddøren med mange malerier, og på væggen en mindetavle for Diderich Buxtehude.